ネットショップの手数料を安く抑えるには？運用コストを意識した比較ポイントとおすすめサービスを徹底解説

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2025年5月23日

ネットショップを出店するにあたって、手数料に不安を抱えているという方も多いのではないでしょうか。本記事では、ネットショップにかかる手数料の種類や比較のポイントをわかりやすく解説。できるだけコストを抑えたい方に向けて、費用面で納得のいく出店先選びのヒントをお届けします。

ネットショップにかかる手数料とは？

ネットショップを開設・運営する際には、さまざまな手数料や費用が発生します。これらの費用を正しく理解しておかないと、想定外の出費に悩まされることになりかねません。特に初めてネットショップを立ち上げる方にとって、どのような費用が必要なのか、どのくらいのコストがかかるのかを事前に把握しておくことは非常に重要です。

ここでは、ネットショップ運営で一般的に発生する主な費用について詳しく解説していきます。

ネットショップ運営で発生する主な費用

ネットショップを運営する上で発生する費用は、大きく分けて「初期費用」「月額費用」「販売手数料」「決済手数料」「振込手数料」の5つに分類できます。これらの費用構造を理解することで、自分のビジネスモデルに合った最適なプラットフォームを選ぶことができます。

それぞれの費用について詳しく見ていきましょう。

初期費用

初期費用は、ネットショップを開設する際に最初に必要となる費用です。主に以下のような項目が含まれます。

まず、ショップ開設料（出店料）として、プラットフォームによっては数千円から数十万円の初期費用が発生することがあります。これは、ショップページの基本設定やシステム利用権の取得に必要な費用です。特に独自ドメインでのショップ構築を希望する場合は、ドメイン取得費用（年間1,000円から3,000円程度）も必要になります。

また、デザインにこだわりたい場合は、テンプレート購入費やカスタマイズ費用が発生します。基本テンプレートは無料で提供されていることも多いですが、差別化を図るためのオリジナルデザインには数万円から数十万円の費用がかかることもあります。

さらに、商品写真の撮影費用や商品説明文の作成費用、ロゴデザイン費用なども初期費用として考慮する必要があります。これらは外注する場合、クオリティによって費用が大きく変わってきます。

近年では、メルカリShopsのように初期費用が無料のサービスも増えており、特に小規模から始めたい方や試験的に出店したい方にとっては、初期投資を抑えられる選択肢として人気があります。

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月額費用

月額費用は、ネットショップを継続的に運営していくために毎月支払う必要がある固定費です。この費用は売上の有無にかかわらず発生するため、特に立ち上げ初期の収益が安定していない時期には大きな負担となる可能性があります。

主な月額費用としては、まずプラットフォームの利用料があります。これは月額数千円から数万円程度で、利用できる機能やサポート内容によって価格が変わります。基本的に機能が充実しているほど月額費用は高くなる傾向にあります。

また、サーバー利用料も重要な月額費用の一つです。独自サーバーを利用する場合は、月額千円から数万円程度の費用がかかります。トラフィックが多いショップほど、高性能なサーバーが必要となるため費用も増加します。

さらに、セキュリティ対策費用として、SSLサーティフィケート（年間数千円〜）やセキュリティソフト利用料が必要になることもあります。お客さまの個人情報や決済情報を扱うネットショップにとって、セキュリティ対策は必須です。

その他、メールマガジン配信サービスやCRM（顧客管理）ツールなどのオプションサービスを利用する場合は、それぞれに月額費用が発生する場合があります。これらは必須ではありませんが、マーケティング効果を高めるために活用されることが多いです。

メルカリShopsでは、商品が売れない限り固定費を含む費用は一切発生しません。販促機能を無料でご利用いただけます。

販売手数料

販売手数料は、商品が売れた際に売上の一部をプラットフォーム運営会社に支払う費用です。この手数料は、ネットショップの運営コストの中でも特に注意が必要な項目の一つです。

販売手数料の設定方法は、プラットフォームによって大きく異なります。一般的には売上金額に対して一定の割合が設定されていることが多いですが、商品カテゴリーによって異なる料率が適用されるケースもあります。例えば、家電製品や高額商品は低めの料率、アパレル商品や利益率の高い商品は高めの料率が設定されていることがあります。

また、固定額と変動額の組み合わせで設定されているケースもあります。例えば「1注文につき100円+売上の5%」といった形式です。このような場合、少額の商品を販売する際には特に注意が必要です。

販売手数料は直接利益に影響するため、商品の価格設定を行う際には必ず考慮する必要があります。特に利益率の低い商品を扱う場合は、販売手数料の高いプラットフォームでは採算が取れなくなる可能性もあるため、慎重に検討しましょう。

メルカリShopsでは売れた商品や金額に関係なく、売上金の10%を一律で販売手数料としています。

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なお、自社ECサイトを構築する場合は、販売手数料が発生しないケースが多いですが、その分、集客やシステム運用のコストは自己負担となります。

決済手数料

決済手数料は、お客さまが商品を購入する際の支払い方法に応じて発生する手数料です。この費用は見落としがちですが、特に小額商品を多く扱う場合や高額商品を販売する場合には、利益に大きく影響する可能性があります。

クレジットカード決済の場合、一般的には決済金額の3%から5%程度の手数料が発生します。国際ブランド（VISA、Mastercard、JCB等）や契約する決済代行会社によって料率は異なります。また、月間の決済金額が大きくなるほど料率が下がる仕組みを採用している決済代行会社もあります。

コンビニ決済やATM決済の場合は、1件あたり数百円の固定手数料が発生することが多いです。これらの決済方法は、特に少額の商品を販売する場合には注意が必要です。例えば、1,000円の商品に対して200円の決済手数料がかかると、手数料率は実質20%となり、利益を大きく圧迫します。

電子マネーやQRコード決済（PayPay等）の場合は、クレジットカードよりもやや低い料率（1.5%から3.5%程度）が設定されていることが多いですが、サービスによって異なります。

後払い決済（NP後払い、Paidy等）は、未回収リスクを決済会社が負担するため、比較的高い手数料（5%から10%程度）が設定されていることが一般的です。ただし、顧客の購入ハードルを下げる効果があるため、導入を検討する価値はあります。

決済手数料は、提供する決済方法の種類が増えるほど複雑になりますが、顧客の利便性を考えると複数の決済方法を用意することが望ましいでしょう。

なお、メルカリShopsではフリマアプリ「メルカリ」で利用できる決済方法を網羅しています。

振込手数料

振込手数料は、ネットショップの売上金をプラットフォームから自分の銀行口座に引き出す際に発生する費用です。一見小さな費用に思えますが、振込頻度によっては年間でかなりの金額になることもあるため、見落とさないようにしましょう。

一般的な振込手数料は、1回あたり数百円から数千円程度です。振込先の銀行によって金額が異なることが多く、同じ銀行の場合は手数料が安くなる、あるいは無料になるケースもあります。

振込のタイミングもプラットフォームによって異なります。自動的に月1回振り込まれるサービスもあれば、手動で振込申請が必要なサービス、最低振込金額が設定されているサービスなどさまざまです。

特に売上規模が小さい場合は、振込手数料の負担が相対的に大きくなります。例えば、月の売上が1万円で振込手数料が440円かかる場合、実質的な手数料率は4.4%となります。このような場合は、振込頻度を下げて（例えば月1回ではなく2ヶ月に1回にするなど）手数料負担を減らす工夫も必要です。

また、一部のプラットフォームでは、振込手数料を出店者ではなくプラットフォーム側が負担するサービスもあります。特に小規模で運営する予定の方は、このような点も比較検討材料にすると良いでしょう。

ちなみに、メルカリShopsにおける振込手数料は、1回の振込につき200円（税別）となっています。

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手数料で比較するネットショップの選び方

ネットショップを選ぶ際、手数料構造は非常に重要な判断材料となります。しかし、単純に「手数料が安いから」という理由だけで選ぶのは危険です。自分のビジネスモデルや販売規模、商品特性に合った手数料体系を持つサービスを選ぶことが、長期的な収益性を確保するポイントとなります。ここでは、手数料の観点からネットショップを比較・選択する際の重要なポイントについて解説します。

コスト重視で選ぶときの比較ポイント

ネットショップを手数料の観点から比較する際には、単に表面上の数字だけでなく、自分のビジネスモデルに合った費用構造を持つサービスを選ぶことが重要です。ここでは、コスト重視で選ぶ際の主要な比較ポイントについて詳しく解説します。

固定費と変動費のバランス

ネットショップの費用構造を考える上で、固定費と変動費のバランスは非常に重要なポイントです。固定費とは売上の有無にかかわらず発生する費用（月額利用料など）、変動費とは売上に応じて変動する費用（販売手数料など）を指します。

固定費が高く変動費が低いタイプのサービスは、売上が大きくなるほど費用対効果が高まります。例えば、月額3万円の固定費がかかるが販売手数料が0%というサービスの場合、月商100万円なら実質的な手数料率は3%ですが、月商1,000万円なら0.3%まで下がります。このタイプは、安定した高い売上が見込める場合や、高額商品を扱う場合に適しています。

一方、固定費が低く変動費が高いタイプのサービスは、初期投資や固定的な負担が少ないため、売上が不安定な場合や小規模から始める場合に適しています。例えば、月額費用0円で販売手数料10%というサービスは、売上がない月でもコストがかからないというメリットがあります。

自分のビジネスの成長段階や売上予測に合わせて、最適なバランスを選ぶことが重要です。特に創業初期は固定費を抑え、売上が安定してきたら固定費型のサービスに移行するという戦略も検討価値があります。

また、季節変動の大きい商材を扱う場合は、繁忙期と閑散期でコスト負担が大きく変わらない変動費型のサービスが有利になることが多いです。

売上規模に応じた手数料負担の違い

ネットショップの手数料負担は、売上規模によって大きく変わってきます。そのため、現在の売上規模だけでなく、将来的な成長も見据えた比較が必要です。

例えば、小規模（月商数十万円程度）の場合、固定費の負担が相対的に大きくなるため、月額費用の低いサービスや、固定費ゼロで販売手数料のみのサービスが有利になることが多いです。この段階では、BASEやSTORES、メルカリShopsなどの販売手数料型のサービスが人気です。

中規模（月商数百万円程度）になると、販売手数料の負担が大きくなってくるため、月額費用はかかるものの販売手数料が低いサービスの方がトータルコストで有利になることがあります。この段階では、Shopifyやカラーミーショップなどの月額固定費型のサービスへの移行を検討する価値があります。

大規模（月商1,000万円以上）になると、販売手数料の負担が非常に大きくなるため、自社ECサイトの構築や、大規模事業者向けのエンタープライズプランの利用が費用対効果で優れていることが多いです。この段階では、ECキューブやfutureshopなどの本格的なECプラットフォームや、Magento、Shopifyなどのエンタープライズプランが選択肢となります。

また、一部のサービスでは、売上規模に応じて手数料率が変動する仕組みを採用しています。例えば「月間売上100万円までは10%、100万円を超える部分は8%」といった段階制の料率設定です。成長を見込んでいる場合は、このような料率体系も比較検討材料にすると良いでしょう。

なお、ここでは手数料負担に限った話をしましたが、プラットフォームの規模や集客力も考慮する必要があります。いくら手数料が安く済んでも購入するお客さまの数が少ない・お客さまの目に触れてもらう機会が少ないと機会損失になってしまうため注意が必要です。

ランニングコストを左右するポイント

ネットショップの運営を続けていく中で、ランニングコストは収益性に大きな影響を与えます。特に長期的な運営を考える場合、初期費用よりもランニングコストの方が重要になることが多いです。ここでは、ランニングコストを左右する主要なポイントについて解説します。

決済方法の違いによる手数料差

ネットショップの運営コストを考える上で、決済方法による手数料の違いは非常に重要なポイントです。各決済方法にはそれぞれ異なる手数料体系があり、提供する決済方法の組み合わせによって全体のコスト構造が変わってきます。

クレジットカード決済は最も一般的な決済方法ですが、手数料率は3%から5%程度と比較的高めです。ただし、利便性が高く、即時に入金確認ができるというメリットがあります。また、決済代行会社によっては、月間決済額が大きくなるほど料率が下がる仕組みを採用しているところもあります。例えば、月間決済額が100万円未満なら3.6%、100万円以上なら3.0%といった具合です。

銀行振込は手数料が発生しない（顧客負担）というメリットがありますが、入金確認の手間がかかり、また顧客にとっても手間がかかるため、購入のハードルが上がるという注意点があります。

コンビニ決済やATM決済は、1件あたり数百円の固定手数料が発生することが多いです。そのため、少額商品の場合は手数料率が高くなってしまいます。例えば、1,000円の商品に対して200円の決済手数料がかかると、実質的な手数料率は20%になります。

電子マネーやQRコード決済（PayPay等）は、クレジットカードよりも低い料率（1.5%から3.5%程度）が設定されていることが多く、若年層を中心に利用者が増えています。

後払い決済（NP後払い、Paidyなど）は、未回収リスクを決済会社が負担するため、比較的高い手数料（5%から10%程度）が設定されていることが一般的です。しかし、お客さまの購入ハードルを下げる効果があるため、導入を検討する価値は十分にあります。

また、決済方法によって入金サイクルも異なります。クレジットカード決済は比較的早く入金されますが、コンビニ決済や後払い決済は入金までに時間がかかることが多いです。キャッシュフローを重視する場合は、この点も考慮する必要があります。

販促機能やサポートの有無とのトレードオフ

ネットショップの手数料を比較する際、単純に数字だけで判断するのではなく、提供される機能やサポートとのバランスを考慮することが重要です。手数料が安いサービスは、その分、販促機能やサポート体制が限定されていることが多いからです。

例えば、販促機能が充実していれば集客力はより高まり、結果的に売上増加につながる可能性があります。その場合、多少手数料が高くても、トータルで見れば利益が大きくなることもあります。

コストを抑えるならどんなサービスが向いている？

ネットショップの運営コストを抑えたい場合、どのようなサービスを選べばよいのでしょうか。ここでは、コスト重視で選ぶ際におすすめのサービスタイプについて解説します。

初期費用・月額費用がかからないサービス

初期費用や月額費用を抑えたい場合は、メルカリShopsのように初期費用や月額の固定費用が発生しないサービスを選ぶことがおすすめです。そのほか、無料プランを提供している代表的なサービスとしては、BASE、STORES、カラーミーショップ（フリープラン）、Square、Yahoo!ショッピングなどが挙げられます。

販売手数料のみで運用できるプラットフォーム

初期費用や月額費用がかからず、商品が売れた時のみ手数料が発生するタイプのプラットフォームは、リスクを抑えてネットショップを始めたい方に適しています。

メルカリShopsなら初期費用・月額の固定費用は0円で、商品が売れるまでは一切の手数料は生じず、必要な手数料は商品が売れた際の販売手数料10%と口座に売上金を振り込む際の振込手数料200円（税別）のみというシンプルな料金体系です。また、フリマアプリ「メルカリ」を利用する月間約2,200万人ものお客さま向けに商品を掲載できるため、集客面でも非常に有利です。